El origen de los gobiernos civiles se remonta a la Constitución de Cádiz de 1812, que encomendaba el gobierno de las provincias a un jefe superior nombrado por el rey para cuidar de la tranquilidad pública, del buen orden, de la seguridad de las personas y bienes de sus habitantes, de la ejecución de las leyes y órdenes del gobierno, y en general, de todo lo que pertenece al orden público y prosperidad de la provincia.

En el año 1834 a los titulares de este cargo pasan a denominarse Gobernadores Civiles de la provincia, nombre que ha pervivido salvo en el intervalo de 1836-1849, en el que se llamaron Jefes Políticos. Tuvieron competencias en todos los órdenes de la Administración dentro del ámbito de su provincia: fomento en general (agricultura, industria, comercio, montes, obras públicas, etc,) beneficencia, sanidad, cultura, espectáculos y diversiones públicas, caza, pesca, administración local, policía, instrucción pública, moralidad, etc.) Al irse creando los ministerios durante los siglos XIX y XX, perdió competencias a favor de las delegaciones ministeriales que se fueron creando.

Durante el franquismo la figura de los gobernadores civiles cobró una especial relevancia, pudiéndose considerar como una de sus principales instituciones represivas.

Los Gobiernos Civiles asumen las competencias de las delegaciones de Orden Público, creándose una secretaría de Orden Público ejercida por militares, mutilados de guerra o miembros de los cuerpos de seguridad. Bajo la denominación de orden público se incluían el control de asociaciones, de los cultos disidentes, de los extranjeros, de las reuniones, policía de orden público (salvoconductos, pasaportes, certificados, informes, busca y captura de presos, actividades subversivas y políticas, somatén armado), temas relacionados con la moral y las costumbres, conducción de presos y detenidos, infracciones administrativas, autorizaciones administrativas. Por su parte a los gobernadores civiles se les asigna la Jefatura Provincial del Movimiento.

Una nueva regulación de sus funciones se produjo por la Ley de Régimen Local de 1955 que fortaleció su carácter gubernativo. En 1958 se publicó el Estatuto Orgánico de los Gobernadores Civiles, que se designan como representantes delegados del Gobierno de la Provincia, con facultades de decisión, suspensión y de impulso y coordinación de la actividad desarrollada por los organismos y jefaturas a nivel provincial, con un carácter fundamentalmente político.

El Reglamento de 1961 organizó los Gobiernos Civiles como unidades político – administrativas provinciales de la Administración del Estado, dependientes del Ministerior de la Gobernación. A partir de 1977 su dependencia orgánica será del Ministerio del Interior.

Con el desarrollo de las autonomías los Gobiernos Civiles fueron perdiendo competencias, establecidas en el Reglamento de 1980, quedando únicamente como órganos administrativos.

La ley 6/1997 de organización y funcionamiento de la Administración General del Estado supone una ruptura radical con todo el sistema seguido hasta entonces para los gobiernos civiles. Estos pasan a convertirse en órganos de la Delegación del Gobierno en cada provincia cambiando el tradicional nombre de Gobernador Civil por el nuevo de Subdelegado del Gobierno, siendo su nombramiento obra del Delegado del Gobierno en la Comunidad Autónoma. Pierde el carácter político que hasta entonces había tenido, lo que se manifiesta en la elección de su titular, pues a partir de entonces será un funcionario de carrera.