La cabecera de La Seo está formada por un profundo ábside central que en origen estuvo flanqueado por dos más pequeños y dos capillas cuadradas abiertas al crucero, conservándose actualmente únicamente el ábside del evangelio. Ambos ábsides se cubren con bóvedas de crucería estrellada. El ábside del evangelio alberga la capilla de la Virgen Blanca, abriendo un único ventanal de medio punto. El ábside mayor está articulado por columnas unidas por arcos de medio punto, con apostolado y motivos religiosos y profanos de gran expresividad, ocupando capiteles, arquivoltas, frisos e intercolumnios; toda esta rica decoración queda oculta por el extraordinario retablo mayor; al exterior conserva tres grandes ventanas con arquivoltas decoradas con ajedrezado y apoyadas en columnas de capiteles con temas figurativos. Sobre los ábsides realizados en piedra en la segunda mitad del siglo XII, se construyó un segundo cuerpo de ladrillo en los siglos XIV y XV, de planta poligonal, con ventanales de tracería gótica y muros decorados con labores mudéjares de ladrillo y cerámica. En el muro de la cabecera se sitúan la sacristía mayor, ocultando los restos del ábside de la epístola y precedida del altar de San Pedro y San Pablo, y la sala capitular, completando el frente hacia el Este, mientras que en el lado Oeste se desarrolla la capilla de San Miguel arcángel. La puerta de San Bartolomé se abre a la altura del transepto en el lado de la Epístola y se trata del acceso más antiguo conservado desembocando en la plaza de San Bruno. A través de un acceso adintelado flanqueado por columnas toscanas se accede a un vestíbulo de planta rectangular de tres tramos cubiertos con bóveda de crucería simple. Desde este vestíbulo se accede al patio, oficinas, archivos y museo de tapices por el lado izquierdo; y por un acceso principal en arco carpanel se accede al interior del templo. La puerta de la Pabostría se abre a los pies del edificio y comunica con el templo a través de un atrio. De acuerdo a un sencillo diseño, se trata de un acceso bajo arco apuntado de doble rosca bajo el cual abre un arco carpanel de menor altura. A continuación se dispone un atrio de planta rectangular y dos tramos cubierto por crucería estrellada que comunica con el interior del templo a través de una portada de yeso decorada con motivos del renacimiento italiano. La fachada principal está construida en piedra salvo algunas zonas altas hechas en ladrillo revestido de yeso. Muy desarrollada en anchura para poder acoger tres puertas de ingreso a tres ámbitos distintos, consta de dos pisos, el inferior de altura doble al superior, articulados verticalmente en cinco calles mediante parejas de columnas de orden gigante en el piso inferior, y planos en resalte en el superior . En el piso inferior, dividido en dos zonas, se dispone el acceso principal en la calle central, adintelado rematado con un gran dintel semicircular que apoya en un entablamento que separa las dos zonas de este cuerpo y que a su vez apea en dos esbeltas columnillas similares a aquellas otras de orden gigante, pareadas y corintias que flanquean el acceso, articulan el muro y que soportan el entablamento; en las calles externas se disponen los accesos laterales también adintelados, de menores dimensiones y rematados con frontones triangulares y sobre ellos, en la zona superior, óculos ovalados. Rematan la composición dos pilastras sencillas en los extremos. El piso superior, separado del inferior por una cornisa de gran vuelo, sustituye los soportes del cuerpo inferior por planos en saliente en los que se colocan sendas hornacinas que flanquean otra central que alberga la escultura de El Salvador. Las otras dos hornacinas contienen las estatuas de San Pedro y San Pablo. Remata un entablamento y un frontón triangular flanqueado por pebeteros en forma de llama.