El municipio tiene su origen en la época romana, cuando ocupaba el lugar un mesón junto a la calzada que conduce a Huesca desde los pirineos. Su nombre hace referencia a la distancia en millas romanas -nueve- que dista de la capital. Se cree que en el proceso de repoblación de la Hoya de Huesca en el siglo XII Nueno fuera convertido en población, con una minoría de cristianos y predominio de moriscos. A este municipio pertenecen los núcleos de Arascués, Belsué, Nocito, Sabayés y Santa Eulalia de la Peña y los de Santa María de Belsué y Lúsera, hoy en día abandonados. En 1845 se produjeron las primeras fusiones entre municipios. Belsué y Santa María de Belsué se unieron a Sabayés; Lusera se unió a Nocito y Santa Eulalia de la Peña a Nueno. En 1972 Sabayés y Nocito se fusionaron a Nueno por Decreto 1758/72 del 30 de junio (BB.O.P.H.U. nº 165 del 11 de julio de 1972). Poco después por Decreto 843/73 del 12 de abril (B.O.P.H.U. nº 104 del 1 de mayo de 1973) Arascués se unió a Nueno.