En abril de 1308, obispo y cabildo determinaron que la segunda planta de la sacristía recién construida se destinase a guardar los ornamentos eclesiásticos, el tesoro y los documentos de la iglesia. Función esta última que no se ha interrumpido hasta el presente. En 1590 se nombró una comisión de canónigos que inició la ordenación y catalogación de los documentos y se dotó, de manera provisional, el cargo de archivero. La labor fue continuada por otra comisión nombrada en 1609, que terminó la distribución de los fondos en nueve armarios y, en cada uno de éstos, en un número indeterminado de ligarzas. El canónigo Cadena, en 1633- 1634 redactó el catálogo. El mayor volumen de los fondos proceden de la propia catedral; le sigue en importancia el correspondiente a la mitra o mensa episcopal, que se interrumpe a principios del siglo XVI a raíz de la formación del Archivo diocesano; una pequeña parte, la más antigua, procede de los monasterios de Siresa, Raya y de la catedral de Jaca. En 1627 se incorporaron al Archivo catedralicio un total de 140 protocolos notariales que el cabildo compró a los herederos del notario Pilares. Con motivo de la Desamortización se depositaron los fondos de pergaminos, de los siglos XI-XVI, de la colegiata de Santa María de Alquézar. Desde 1869 hasta 1875 estuvo el Archivo incautado por el gobierno civil de la provincia, que dispuso el traslado de una Biblia manuscrita y miniada al Museo Arqueológico Nacional, de Madrid. La pérdida más importante del Archivo ha sido la de la documentación correspondiente al monasterio y parroquia de Santa Engracia, de Zaragoza, pertenecientes al obispado de Huesca.