Ubicada en territorio de los condes de Aragón en el fondo del valle de la Garcipollera, es una iglesia construida en sillarejo dispuesto a soga en hiladas bastantes regulares, cuya fábrica se realizó en dos fases consecutivas. La primera debió llevarse a cabo entre 1040-1050, impulsada por el conde Galindo, mientras que la segunda concluyó en 1072, teniendo como promotores al conde Sancho Galíndez y su esposa Urraca, según reza la inscripción de la portada occidental.

Consta de una sola nave rectangular con una cabecera semicircular bastante peraltada precedida de presbiterio y una torre de planta cuadrada adosada al lado norte. Cubre la nave con techumbre de madera a dos vertientes, el presbiterio con medio cañón y la cabecera con cascarón, arrancando ambas bóvedas de una imposta. Destaca la considerable altura de la nave y cabecera.

Al interior, el tambor del ábside está dividido en dos pisos. El inferior, a modo de zócalo liso, soporta, separado por una imposta, un segundo registro articulado por cinco arcos de medio punto sobre columnas con capiteles labrados. La superficie de ambos niveles está decorada con pinturas murales góticas, que en su mayor parte se pueden datar en el segundo cuarto del siglo XV. Constan de tres registros horizontales, que representan, de abajo a arriba: doce santos en escena procesional; escenas de la vida de la Virgen separadas por arquerías; y un calvario con un grupo de ángeles a los lados.

La iglesia primitiva constaba de dos puertas afrontadas en los lados norte y sur, próximas al presbiterio. Son de arco de medio punto en gradación sobre jambas rectas. La del lado norte abre actualmente a la planta baja de la torre.

En la segunda etapa constructiva se abrió un nuevo acceso en el muro occidental. Consiste en un cuerpo avanzado cuyos costados se prolongan en forma de bandas o contrafuertes adosados al muro hacia el piso superior, donde flanquean una ventana en arco de medio punto sobre columnas. Un tejaroz, que protege la portada, sirve de separación entre los dos pisos. El ingreso se abre en arco de medio punto por medio de tres arquivoltas enmarcadas por una moldura con ajedrezado. Capiteles historiados sobre columnas sostienen la arquivolta central; uno de ellos representa a Daniel en el foso de los leones y el otro el tema del castigo del avaro.

Entre las arquivoltas y el tejaroz corre la inscripción que indica que se realizó en 1072. Otras obras menores, fundamentalmente de tipo decorativo, como las columnas de las ventanas, se realizarían también en esta fase.

Además de esta puerta, al exterior destaca la decoración del muro sur y del ábside. Éste se encuentra articulado por cinco pilastras, cuya función es más decorativa que estructural, entre las que se abren tres ventanas de doble arco sobre columnas. En el muro sur hay una moldura que une las dos ventanas a la altura de las impostas y se eleva lateralmente hasta el arranque del tejado, formando un panel rectangular escalonado. Las ventanas de este lado son, al exterior, semejantes a las del ábside, pero al interior presentan perfil adintelado.

La torre, de planta cuadrada y un solo cuerpo, está adosada al muro norte de la nave, próxima a la cabecera. Tiene dos pisos, cubiertos con bóvedas de cañón dispuestas en distintas direcciones. Su cronología es discutida, siempre dentro de la época medieval, aunque parece que hubo una torre anterior correspondiente a la fábrica original. 

Las soluciones arquitectónicas de Santa María de Iguácel se pueden relacionar con la iglesia de San Salvador de Leire, con la diferencia de que puertas, pilastras y ventanas están más desarrolladas en Iguácel, pero mejor aparejadas en Leire. Asimismo también presenta similitudes con el monasterio navarro en cuanto a las molduras.

En cuanto a la escultura, los investigadores han resaltado las vinculaciones entre esta iglesia y la catedral de Jaca, por la existencia de numerosos parentescos formales e iconográficos derivados del intercambio de formas artísticas entre ambos conjuntos. Se han formulado hipótesis que barajan la existencia en Jaca de un taller de escultura que realizaría obras para las iglesias del entorno, o bien la elaboración de la escultura de Iguácel por un discípulo del maestro de Jaca.